La Abadía Benedictina de Santa Maria de la Asunción de Valfabbrica, nacida en Alto Media edad, fue una posesión estratégica en el territorio de Assisi controlada por la abadía de San Silvestro de Nonantola.
En 1101 un contrato pone de acuerdo Andreas, monje de Valfabbrica, y Leto priora de San Rufino de Assisi, así que las abadías se uniesen.
Al comienzo del siglo 12° los monjes benedictinos, junto col priora Saluccio, purificaron el pantano del alrededor creando una plana fértil, empujando al desarrollo de la importancia del monasterio.
En la bula papal del 1168, el Papa Alejandro III escribió como Nonantola detenía el monasterio de Valfabbrica (Cellam S. Marie in Fabrica).
En el documento oficial del 1177 el imperator Federico el Barbarroja, pone la iglesia (“ecclesia de Valle Fabrica Nonantule pertinet ecclesie”) y el monasterio (“ipsam vallem fabricam”) bajo su propio control y protección.
En otra bula papal del 1191, el Papa Celestino III nos confirma la posesión de la abadía, las cortes y sus posesiones por Nonantola (“ecclesiam S. Marie in Vallis Fabrica cum castellis et omnibus ecclesiis et pertinentiis suis”).
En 1207 San Francisco, durante de su primer viaje como hombre nuevo al seguir de su acto de liberación, dejó Assisi pasando por este lado de Valfabbrica y después de un ataque a sus daños, en el lugar dicho el Pioppo, tuvo que pararse unos días en este monasterio. Luego paso el vado del rio Chiascio para alcanzar Gubbio.
En 1272 el abad Garcìa del monasterio de San Vittore de Chiusi, junto con Iacobutio, contigo de Coccorano y otros nobles de Gubbio y Camerino, invadieron las tierras de la curia y el mismo monasterio, tomándole cualquier posesión concreta y también sus documentos.
En 1544 el canon Benzi dejo el monasterio en las manos del obispo de Assisi que aumento su propia posesión. De hecho, el Papa pablo III Farnese en el mismo año oficializa la unión de sus posesiones de Valfabbrica al Capítulo de la catedral de Assisi, nominando de vez en vez los curas que tomaban salario hasta la supresión en 1862 del Rey de Italia Vittorio Emanuele II.
El complejo de abadías Benedictina de Santa Maria de la Asunción de Valfabbrica, nacida en Alto Media edad, fue una posesión estratégica en el territorio de Assisi controlada por la abadía de San Silvestro de Nonantola. llevaba su propia muralla de defensa que incluía un patio y un claustro con pozo que todavía existe.
Las iglesias en edad media llevaban pavimentación más baja de la de hoy y cerca del altar había la zona absidal. En su lugar hoy se encuentra una pared transversal ad-ángulo recto, característica que donaban más volumen de lo actual. En el siglo XVII la estructura fue modificada en su altura, se destruyó la gradería y se crearon muchas ventanas que de hecho determinaron la ruina de algunas pinturas.
En antigüedad las paredes de la iglesia estaban totalmente rellenadas de frescos; de las que resistieron a los siglos hoy podemos admirar la más importante: el fresco “Compianto sul Cristo morto” (LLanto sobre Cristo muerto) del final del siglo XIII, unico ejemplo en Umbría de la escuela artística de Cimabue.